Trường Công nghệ Thông tin và Truyền thông – Đại học Bách khoa Hà Nội – bao gồm: 02 Khoa đảm nhận công tác chuyên môn trong giảng dạy và nghiên cứu khoa học; 04 Trung tâm nghiên cứu; 02 Trung tâm hỗ trợ các hoạt động đào tạo (thực hành), nghiên cứu khoa học, chuyển giao công nghệ và đổi mới sáng tạo; 01 bộ phận hành chính – văn phòng Trường giúp việc cho Ban giám hiệu cũng như hỗ trợ các bộ môn và trung tâm trong triển khai các hoạt động chuyên môn.
Hội đồng Trường là cơ quan do Hiệu trưởng Trường Đại học Bách khoa Hà Nội ra quyết định thành lập để tư vấn cho Hiệu trưởng trong việc triển khai thực hiện các nhiệm vụ quản lý và điều hành Viện.